《国家赔偿法》具有实体法和程序法并存的性质，赔偿程序是实现国家赔偿的具体操作规程，我国的《国家赔偿法》对行政赔偿与刑事的程序均作了规定，但是由于对赔偿程序规定过于原则、笼统，存在诸多缺陷，已明显滞后，所以对于赔偿程序的改革也成为此次《国家赔偿法》修正的重点考量之一，目的在于体现程序正义，让程序正义与实体正义协力配合，共同保障公民的基本权利。
按照原《国家赔偿法》的有关规定，国家赔偿程序，总的原则是赔偿请求人应当首先向赔偿义务机关申请赔偿。由于我国实行侵权行为机关与赔偿义务机关一致的原则，也就是赔偿请求人应先向侵权机关申请赔偿。实行首先向赔偿义务机关申请赔偿原则，其目的在于简化程序，方便受害人，有利于及时得到赔偿。但是，实行这一原则有一例外，即赔偿请求人提出行政赔偿时，由于行政复议和行政诉讼的存在，赔偿请求可能依附于行政复议和行政诉讼，赔偿请求人可以在申请行政复议和提起行政诉讼时一并提出，而不必先向赔偿义务机关申请赔偿。受害人向赔偿义务机关申请赔偿，赔偿义务机关应在两个月内决定是否赔偿。
赔偿义务机关逾期不予赔偿或者赔偿请求人对赔偿数额有异议的，根据行政赔偿、刑事赔偿的不同情况，《国家赔偿法》规定了不同的程序。属于行政赔偿的，可以向人民法院提起诉讼。属于刑事赔偿的，赔偿义务机关是人民法院的，赔偿请求人可以直接向其上一级人民法院赔偿委员会申请赔偿；赔偿义务机关是人民法院以外的公安、安全、检察机关的，赔偿请求人需要先向赔偿义务机关的上一级机关申请复议，赔偿请求人不服复议决定或复议机关逾期不作决定的。再向复议机关所在地的同级人民法院的赔偿委员会申请赔偿。
在国家赔偿程序中，行政赔偿与刑事赔偿另一个重大区别是在审理机构方面，行政赔偿适用行政诉讼法的行政诉讼程序，由人民法院的行政审判庭审理；刑事赔偿则是由人民法院特别设立的赔偿委员会审理。按照《国家赔偿法》规定：“中级以上的人民法院设立赔偿委员会，由人民法院三名至七名审判员组成。”这是因为刑事赔偿涉及的国家机关较为复杂，其中，既有主持赔偿争议解决的人民法院，也有对法律实施进行监督的人民检察院。人民法院既是赔偿义务机关，又是主持解决赔偿争议，决定是否赔偿的机关。尽管主持解决赔偿争议的人民法院和履行赔偿义务的人民法院并非同一个人民法院，但他们毕竟同在人民法院系统，这似乎有悖于“任何人不得为自己案件的法官”这古老的公正法则。同时，人民检察院本是对法院审判活动实行监督的机关，而在刑事赔偿中。人民检察院则要作为当事人接受人民法院的审判。这些特殊情况决定了刑事赔偿不能作为一般的案件对待，由人民法院既设的任何一个审理机构处理。因而，原《国家赔偿法》确定了刑事赔偿由人民法院特设的赔偿委员会来处理。
针对这些规定以及实践中暴露出来的问题，学界对于此次修法在程序方面的改进期待是很多的，如可否改申诉确认程序为诉讼确认程序；变先行处理必经程序为选择程序；对赔偿委员会的性质进行重新定位等等。但是此次修法在程序改进方面则略显保守，不过强调从具体的细节性规定来看，仍然能够体现出立法者坚持实现程序正义的思路。期待着这一思路能够在今后的修法中得到进一步体现。
这些修法在行政赔偿与刑事赔偿程序中，增加了协商程序，特别值得关注。迅速解决纠纷是《国家赔偿法》设计行政赔偿程序的主要考量因素，从世界各国立法例来看，行政赔偿的结案方式可以归为两类：一是“决定式”，即完全由行政机关决定；而另一类则是“协商”式，采用协议契约的方式解决行政赔偿数额等内容。
《国家赔偿法》、《行政诉讼法》对行政赔偿先行处理程序中采用何种方式来解决行政赔偿纠纷，均未作出具体规定。实践中，行政赔偿义务机关多采用“决定式”结案，一般不与请求权人进行协商或讨论，受害人只能被动接受或拒绝此决定，如《工商行政管理机关赔偿实施办法》第19条规定：“法制机构可以根据认定的事实，提出处理意见，报局长或提交局长办公室决定。”但也有一些机关采用协商式，重要的依据是《行政诉讼法》第67条第3款规定：“赔偿诉讼可以适用调解”，以及《最高人民法院关于审理行政赔偿案件的若干问题的规定》第30条规定：“人民法院审理行政赔偿案件在坚持合法、自愿的前提下，可以就赔偿范围、赔偿方式和赔偿数额进行调解。调解成立的，应当制作行政赔偿调解书。”第31条规定：“被告在一审判决前同原告达成赔偿协议，原告申请撤诉的，人民法院应当依法审理并裁决是否准许。”但由于原《国家赔偿法》规定并不明确，导致行政相对人的合法权益有时无法获得全面保障。此次修正中增加了协商方式，会使具体的操作有了明确的法律依据。当然，如何协商，协商协议效力等相关制度均需要进一步细化。
新《国家赔偿法》还规定赔偿义务机关应当当场出具加盖本行政机关印章并注明收讫日期的书面凭证（第12条）。这是因为现实中常会缺少如此的环节，导致公民申请赔偿无法真正落实。新法不仅规定了赔偿请求人和赔偿义务机关对自己提出主张的举证责任。同时还强调，受害人在被拘留或被羁押期间死亡或者丧失行为能力的，赔偿义务机关应对自己的行为与损害结果之间不存在因果关系的主张进行举证（第15条）。这样的规定将有利于遏制刑讯逼供、牢头狱霸虐待嫌疑人的行为，有利于切实保护嫌疑人的合法权益。新的法律还就赔偿办理时间给予了限定，例如赔偿义务机关决定赔偿的，应当制作赔偿决定书，并自作出决定之日起十日内送达赔偿请求人等（第13条）。
此外，这次修法虽然没有对刑事赔偿中的赔偿委员会进行重新定位或者如有学者所建议的取消，因为该机构在理论上是违背程序公正原则的，在实践中很难使赔偿请求人保护自己的权益。但从增加的一些条款来看，对赔偿委员会的权力、运作作出了一些限制，如规定“赔偿委员会处理赔偿要求，赔偿请求人和赔偿义务机关对自己提出的主张，应当提供证据。”（第26条）“赔偿请求人或者赔偿义务机关对赔偿委员会作出的决定，认为确有错误的，可以向上一级人民法院赔偿委员会提出申诉。”（第30条）这些规定均是有一定进步意义的。
