习近平总书记在《关于深化党和国家机构改革决定稿和方案稿的说明》中强调：“改革和法治是两个轮子，这就是全面深化改革和全面依法治国的辩证关系。深化党和国家机构改革，要做到改革和立法相统一、相促进，发挥法治规范和保障改革的作用，做到重大改革于法有据、依法依规进行。同时，要同步考虑改革涉及的立法问题，需要制定和修改的法律要通过法定程序进行，做到在法治下推进改革，在改革中完善法治。”
本次党和国家的机构改革是我国改革开放以来规模最大、范围最广、利益调整最为深刻的一次机构改革，是党在新的历史时期，面对新的历史任务所做出的重大决策。在改革过程中，处理好改革与法治的关系尤为重要。
职权法定是现代法治的基本理念。本次机构改革对国务院有关机构的职责进行了较大调整，理应通过立法、修法的方式满足机构改革的法治需求。但由于本次改革规模大、范围广、程度深，统一的立、改、废工作难以在短期完成。据国务院各部门的初步研究，本次改革所需要修改或废止的行政法规达到了230 多部，且情况各异，必须要系统规划、统筹处理。在未进行相关行政法规的整体修改前，由国务院做出决定，对机构改革所涉及的行政法规规定的行政机关职责进行统一调整，发布《关于国务院机构改革涉及行政法规规定的行政机关职责调整问题的决定》具有现实的必要性。
明确行政机关职责和工作
上述决定明确了本次机构改革所涉及的行政法规规定的行政机关职责和工作的履行方式。为了保证过渡期间行政机关履职的合法性，全国人大常委会已于今年4 月27 日通过了《关于国务院机构改革涉及法律规定的行政机关职责调整问题的决定》，就《国务院机构改革方案》中所涉及法律规定的行政机关职责进行了统一调整。但是，国务院各机构的职责并非全都由法律规定，在部分行政法规中也有相关规定，这就涉及到了机构改革中由行政法规规定的行政机关职责调整问题。按照我国宪法的规定，全国人大常委会有权撤销同宪法、法规相抵触的行政法规，但无权直接制定或修改行政法规。因此，国务院作为行政法规制定主体，应当及时出台统一的调整规定。
该决定从维护法制统一和保障过渡阶段职责调整平稳有序的角度出发提出了两个要求：第一，《国务院机构改革方案》确定由新组建的行政机关或划入职责的行政机关承担的职责和工作的，统一调整适用现行的行政法规规定，由新组建机关或划入职责机关承担相应的职责和工作。第二，在相关职责尚未调整到位之前，应当继续执行现行的行政法规规定，由原机关继续承担该项职责和工作。正确理解上述两项要求，应当对相关职责是否调整到位进行准确的把握。当相关职责调整到位后，即由新机关履职；在相关职责调整到位前，由原机关履职。而如何确定“相关职责是否调整到位”，则应当结合“三定规定”的确定、机构转隶、人员调整等因素进行综合判断。
同时，决定明确，地方各级行政机关承担行政法规规定的职责和工作的，同样按照这一原则执行。例如，《国务院机构改革方案》规定，将国土资源部的地质灾害防治职责转入应急管理部行使。根据这一要求，国务院《地质灾害防治条例》中所规定的县级以上地方政府国土资源主管部门的地质灾害防治责任也需要相应调整由县级以上地方政府负责应急管理的部门承担。
明确过渡期管理监督指导关系
决定明确了过渡阶段上下级机关之间的管理监督指导关系。各机构法定职责的调整会带来上下级机关之间领导与被领导关系的变化，尤其是在具有管理指导监督关系的批准、备案、复议等工作中，明确上下级机关的关系是开展工作的重要前提。如在行政复议制度中，由谁承担复议职责就涉及到行政复议机关和行政诉讼被告确定等一系列问题。
按照决定的要求，只要上级行政机关职责已经调整到位的，即便下级行政机关职责尚未完全调整到位，也应当由改革方案确定的承担职责的上级机关履行管理监督指导职责。例如，按照《国务院机构改革方案》的要求，水利部的排污口设置管理职责整合到生态环境部。公民、法人或其他组织对于入河排污口设置申请决定不服的，就应当向上级政府生态环境部门提出复议申请。
突出新组建的司法部的作用
决定突出了机构改革后新组建的司法部的作用。在本次改革中，将司法部与国务院法制办公室的职责整合重新组建了司法部，同时将中央全面依法治国委员会的办公室设在司法部，意味着司法部门将在推进全面依法治国战略布局、落实全面依法治国基本方略中发挥出更重要的作用。
决定明确要求，国务院有关部门实施《国务院机构改革方案》需要制定、修改、废止行政法规的，要及时提出意见和建议，由司法部起草草案后依照法定程序报送国务院，这体现出了新组建的司法部在承担政府法制工作方面的新角色和新定位。
明确规章和规范性文件执行主体
决定提出了清理部门规章和规范性文件的要求，明确了过渡期间部门规章和规范性文件的执行主体。决定提出，实施《国务院机构改革方案》需要修改、废止部门规章和规范性文件的，国务院各部门应当抓紧清理，及时修改和废止。部门规章和规范性文件是行政机关开展工作的重要依托，如修改、清理不及时，极易导致法律体系的不配套、不协调。因此，各部门应当对其制定颁布的部门规章和规范性文件进行及时清理。
同时，决定还对原行政机关制定颁布的部门规章、规范性文件的执行问题做出了衔接性规定，明确在尚未修改、废止相关部门规章和规范性文件前，由承接该项工作的机关作为相关规章和规范性问题件的实施主体。之所以专门就这一问题进行规定，是因为在本次机构改革中，职责转移和部门撤并将导致承担原职责的部门所颁布的规章和规范性文件发生实施主体的变化。在未对相关规章和规范性文件进行系统修改和清理前，需要从法律上明确实施主体。例如，本次国务院机构改革将国家安全生产监督管理总局的职业安全健康监督管理职责调整到了国家卫生健康委员会，国家安全生产监督管理总局所颁布的职业安全健康监督管理方面的部门规章和规范性文件就应当由国家卫生健康委员会作为统一的实施与执行主体。
